Este evangelio llega a su forma final al final del primer siglo. Es bastante distinto de los otros tres evangelios, de los cuales probablemente no tenía copias el autor o autores. Aunque de origen judío, este escritor conoce bien la cultura griega y le gusta pensar en términos opuestos. Estos dualismos tales como luz/oscuridad, verdad/mentira, espíritu/carne y vida/muerte aparecen constantemente en el texto. La idea del mundo que el autor tiene también es dualista. Piensa en la existencia como si estuviese dividida en dos realidades: el mundo de arriba y el mundo de abajo. El mundo de abajo es la tierra y la humanidad, un mundo de oscuridad, carne y pecado. El mundo de arriba es de Dios y el cielo, de la luz, el espíritu y la santidad.
Para este evangelista Jesús viene del mundo de arriba. Él ha atravesado la realidad que separa el mundo de arriba del mundo de abajo, ha dado testimonio de la verdad desde arriba, ha sido "elevado" [3:14; 8:28; 12:32] para regresar a su hogar arriba, ofrece la oportunidad a aquellos que creen de ser animados por la vida del mundo de arriba y, finalmente, estar con Cristo en el mundo de arriba con Jesús. Este evangelio presenta al Hijo trayendo la luz del mundo desde arriba a la oscuridad del mundo abajo. Este tema del Hijo descendiendo desde el cielo y ascendiendo una vez más se encuentra en todo el evangelio. Jesús le dice a Nicodemo que "nadie ha subido al cielo sino solo el que ha bajado del cielo, el Hijo del Hombre" [3:13]. Jesús le dice a los fariseos: "ustedes son de abajo, yo soy de arriba. Ustedes son de este mundo, yo no soy de este mundo" [8:23]. En la última cena Jesús declara, "salí del Padre y vine al mundo. Ahora dejo el mundo y vuelvo al Padre" [16:28].
Como Aquel que viene de arriba, Jesús enseña al ignorante mundo de abajo las cosas del mundo de arriba. En particular, él revela al Padre de tal manera que los que han visto a Jesús han visto al Padre [14:7]. Por medio de una serie de ricas metáforas, el escrito resalta a Jesús como el revelador que hace al Padre accesible y como "el camino, la verdad y la vida" [14:6]. Así, Jesús es el "pan de vida. . . que ha bajado del cielo" [6:35,41]; la "puerta" [10:7,9]; el "buen pastor" [10:11,14]; la "luz del mundo" [8:12; 9:5]; "la vid verdadera" [15:1,5]; y "la resurrección y la vida" [11:25].
Aquellos que creen que Jesús ha sido enviado por el Padre son aquellos que son "nacidos de nuevo desde arriba" [3:3]. Ellos son nacidos del agua [una referencia bautismal] "y del Espíritu. . . que sopla donde quiere" [3:5,8]. "Del corazón del que crea brotarán ríos de agua viva," que quiere decir el Espíritu Santo [7:38-39]. Este Espíritu es enviado al momento de la muerte de Jesús, simbólicamente demostrado por medio de la sangre y el agua que brotaron del costado de Jesús, el cual es un detalle único en el Evangelio de Juan [19:34]. Él es el "Cordero de Dios" [1:29,36] que muere como los corderos que son sacrificados en la Pascua.
Los creyentes perciben que Jesús y el Padre están el uno "en" el otro [14:11]. Por consiguiente, el amor con que el Padre tiene por Jesús es comunicado a los creyentes [17:26]. El Padre y el Hijo [14:23] y el Espíritu [14:17] viene a vivir en los creyentes. Así, los creyentes viven de acuerdo al único mandamiento de Jesús en este evangelio, "ámense los unos a los otros" [13:34; 15:12,17]. Esto es lo que Juan quiere decir al hablar de vida eterna. Es compartir en la relación de amor entre el Padre y el Hijo en el Espíritu Santo. Es un amor/vida que transciende la muerte humana. Es una relación con el Padre que es posible porque el Hijo vino de arriba y ha regresado a su hogar arriba "para preparar un lugar" y llevar a los creyentes allí" [14:3].
La Iglesia joánica aparentemente sufrió un trauma en algún momento por la expulsión de sus miembros judíos de la sinagoga en la comunidad local [9:22; 12:42; 16:2]. Heridos por esta expulsión, el autor continuamente usa el término "los judíos" en el evangelio, a pesar de que todos sus personajes, incluyendo a Jesús, son judíos. Esta rutina habla sarcásticamente de la alienación experimentada por los judeocristianos de la comunidad de Juan, los cuales se sienten despojados de sus raíces judías por los llamados judíos. El factor que precipitó la expulsión probablemente fue lo que los judeocristianos de la comunidad de Juan decían sobre Jesús. La imagen exaltada de Jesús como Aquel que viene de arriba era entendida en la sinagoga como la afirmación de la existencia de dos dioses: el Padre y el Hijo [10:33]. Dicha violación del monoteísmo judío, como se pudo haber percibido, no se podía tolerar en la sinagoga y era difícil de defender por el evangelista en esta época pre-Trinitaria.
El tema cristológico central en Juan es que Jesús viene de arriba y trae vida eterna del mundo de arriba. Esta vida es el amor entre el Padre y el Hijo en el Espíritu Santo para aquellos que creen. Por lo tanto, un discipulado auténtico se define por el vínculo de amor que une a los creyentes [13:35].